건강보험료는 근로자에게 지급하는 월평균 임금을 토대로 정한 표준보수월액에 4.21% 를 적용하여 산정하되 근로자와 사용자가 각각 2.105%씩 부담합니다.

보험료는 매월 납부하는 것이며, 사업주는 국민건강보험공단에서 발부된 고지서에 의하여 매월 분을 다음 달 10일까지 금융기관을 통하여 납부합니다.
매월 납부하는 보험료는 전연도에 근로자에게 지급한 보수월액(신규적용사업장의 경우 직장가입자 자격취득신고서에 기재된 보수월액)을 기준으로 산정된 것이므로 별도의 정산절차가 필요합니다.

사용자는 매년 2월 중에 직전연도에 근로자에게 지급한 실제 보수총액을 기준으로 기납부보험료를 정산하게 되는데 이를 연말정산이라 합니다.
사용자는 매년 2월 말까지 소득세법상의 근로소득 연말정산자료를 토대로 각 근로자별 기납부보험료를 정산한 「직장가입자보수총액통보서」를 공단지사에 제출하여야 합니다.

연도 중에 퇴직자가 있을 경우에도 기납부보험료를 실제 지급한 보수월액으로 정산하여야 하는데 이를 퇴직정산이라 합니다.
퇴직정산절차는 정기정산절차와 같으며 사용자는 사유 발생일로부터 14일 이내에 「퇴직시보수총액통보서」에 퇴직자로부터 회수한 건강보험증을 첨부하여 사업장 관할 공단지사에 제출하여야 합니다.

연도 중에 신규채용 등으로 직장가입자 자격취득자가 생기는 경우에는 사유 발생일로부터 14일 내에 자격취득자의 인적사항과 보수월액이 기재된 「직장가입자자격취득신고서」와 주민등록등본 혹은 호적등본(피부양자가 있는 경우)을 공단지사에 제출하여야 합니다.

사용자가 보험료를 납부기한까지 납부하지 않으면 5%의 가산금이 부과되고, 납기 경과 후 매 3개월 마다 5%씩 최고 15%(납부기한 경과 후 6개월)의 가산금이 부과됩니다.

대표자 변경, 사업장 명칭 변경, 사업장 주소지 변경 등의 사유가 발생하면「사업장변경통보서」를 공단지사에 제출합니다.

결혼, 출산, 사망 등 피부양자의 추가 또는 삭제 등의 사유가 발생하면 「피부양자자격취득ㆍ상실신고서」에 피부양자의 추가, 삭제 등을 입증할 수 있는 서류(주민등록등본, 사망진단서)를 첨부하여 공단지사에 제출합니다.

휴ㆍ폐업 등의 사유가 발생하면 사업주는「사업장탈퇴통보서」에 휴ㆍ폐업 사실을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 공단지사에 제출하여야 합니다.
또한 보험료 정산을 위하여「퇴직시보수총액통보서」와 가입자로부터 회수한 건강보험증도 공단지사에 제출합니다.