나똑똑씨는 회사의 합병전에 이미 퇴사를 결심하였고, 다행히 회사에서 특별퇴직금까지 지급을 하여 창업자금을 비교적 쉽게 마련하였다.
차근 차근 퇴직을 준비했던 나똑똑씨는 그 동안 신중히 알아보고 점검한 창업아이템과 이미 알아본 최적의 상권에 매장을 구하러 다니고 있다. 그러나 준비한 1년 몇달 사이에 매장의 보증금이 너무 오른 상태여서 운영자금까지 생각하면 바로 창업하기에 무리가 있을듯 하여 고민중이다.
다행스럽게도 나똑똑씨는 절친한 회사 동료로 부터 동업기업을 제안받게 되었다.
친한 사이지만 그래도 돈 문제는 확실하게 해 둬야 하겠기에, 동업기업일 경우의 창업과 세금문제에 대하여 세무전문가를 찾아가 상담을 받게 되었다.

1. 동업기업의 사업자등록
동업기업 사업자로 사업자등록을 하려면 동업기업 사업자, 그 지분 또는 손익분배의 비율, 대표자 기타 필요한 사항을 사업장소재지 관할세무서장에게 신고해야 한다.

2. 동업기업의 소득금액의 계산
부동산임대소득, 사업소득, 산림소득이 있는 공동사업장에 대한 소득금액계산에 있어서는 당해 공동사업장을 1거주자로 보고 당해 소득이 발생한 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.
여기에서 1거주자로 본다는 뜻은 당해 공동사업장을 각각의 공동사업자 구성원별로 각각의 사업장으로 보지 아니하고, 각 구성원의 다른 개별사업장 또는 다른 공동사업장과는 별개로 본다는 것이다.

3. 소득의 분배 및 세액계산
동업기업에서 발생한 소득금액은 해당 동업기업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함)간에 약정된 손익분배비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.
분배되었거나 분배될 소득금액이란 그 손익분배비율에 의하여 이미 현실적으로 분배받은 소득금액은 물론이고 아직 분배받지 못하였으나 그 손익분배비율에 의하여 분배받을 수 있는 소득금액을 의미한다.

4. 동업기업 탈퇴시의 소득분배
동업기업에 있어서 과세기간 중 그 구성원이 탈퇴하면서 나머지 다른 동업기업 사업자에게 자기지분을 양도하여 그 지분의 변동이 발생한 경우에는 변동시마다 동업기업 사업자별 소득분배비율에 의거 당해 거주자별로 소득금액을 구분하여 계산하는 것이다.
공동으로 상가신축판매업을 운영하던 중 동업기업 사업자 1인이 탈퇴하면서 나머지 다른 동업기업 사업자에게 자기지분을 양도하고 얻은 소득은 사업소득(부동산매매업)에 해당한다는 유권해석(서면1팀 -22, 2006.01.06)이 있음에 유의할 필요가 있다.

5. 동업기업의 기장의무 판단
각 거주자단위로 판단하는 복식부기의무자를 판단함에 있어서 거주자의 개별사업장은 사업장별 수입금액을 합산하여 복식부기의무자를 판단하나, 동업기업 사업장은 각 구성원의 개별사업장과는 별도로 당해 동업기업 사업장의 수입금액을 기준으로 복식부기의무자를 판단한다.

6. 동업기업의 이자비용 필요경비 여부
거주자가 동업기업에 출자하기 위하여 차입한 차입금의 지급이자는 필요경비에 산입할 수 없고 출자를 위한 차입금 외에 당해 동업기업을 위한 차입금의 이자는 유권해석(서면1팀 -1170, 2005.10.04)에 따라 필요경비로 인정하고 있다. 따라서 동업기업을 개시한 이후에 차입을 해야 필요경비로 인정받을 수 있음에 유의해야 한다.

*** 동업시 소득세는 절세 할 수 있어

현행 소득세의 세율이 누진세율 구조로 되어 있어 소득금액이 많을수록 더 높은 세율이 적용되어 소득금액이 분산되면 될수록 세금은 더 적어지게 된다.
그러므로 동업기업을 하게 되면 소득세를 어느 정도 줄일 수 있다. 그러나 공동사업자에게는 연대납세의무가 있으므로 부담스러운 측면도 있으니 유의해야 한다. 즉, 공동기업에서 발생한 세금(부가가치세, 갑근세, 사업소세 등)은 사업자 모두가 공동으로 연대하여 이를 납부해야 한다.

다시 말해, 한 사람이 납부하지 않으면 나머지 사람이 전액을 납부해야 한다. 그러므로 동업기업을 하고자 하는 경우에는 소득세 절감효과와 연대납세의무에 대한 부담을 잘 따져 보고 동업기업 진행 여부를 결정하는 것이 좋다.