법인사업자는 모든 거래에 대하여 증빙을 갖추고 복식부기방식에 의하여 기장하여야 합니다.
또한 법인세 과세표준과 세액을 신고할 때는 비치ㆍ기장한 장부를 토대로 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표, 손익계산서와 제조원가명세서 및 잉여금처분(결손금처리)계산서, 세무조정계산서, 기타 부속서류를 첨부하여야 합니다.
법인사업자가 장부비치ㆍ기장의무를 이행하지 않거나 법인세 과세표준 및 세액 신고시 재무제표를 첨부하지 않은 경우에는 세무서장이 결정한 산출세액의 20% 또는 수입금액의 0.07%에 해당하는 가산세가 부과됩니다.

개인사업자의 경우에도 원칙적으로 복식부기 방식에 의하여 장부를 비치하고 기장하여야 합니다.
개인사업자가 장부비치ㆍ기장의무를 이행하지 않거나 종합소득세 신고시 재무제표를 첨부하지 않으면 산출세액의 10% 또는 수입금액의 0.07%에 해당하는 가산세가 부과됩니다.
다만 직전연도 수입금액이 일정규모 미만이 되는 간편장부대상자는 국세청장이 정한「간편장부」를 사용하면 복식부기방식에 의한 기장을 하지 않더라도 기장의무를 이행한 것으로 보며, 직전연도 수입금액이 4,800만원 미만의 소규모 개인사업자에게는 장부를 비치ㆍ기장하지 않아도 가산세가 부과되지 않습니다.

법인의 대표자에게 지급되는 급여, 상여 등은 대표자 입장에서 보면 근로소득이고, 법인의 입장에서 보면 비용에 해당됩니다.
그러므로 법인세가 과세되는 소득금액은 대표자에 대한 인건비가 손금으로 비용처리된 상태로 계산되는 것이며, 회사가 대표자에게 급여 등을 지급할 때는 일반근로자와 같이 근로소득세를 원천징수하여야 합니다.

개인기업의 대표자 인건비는 소득금액 계산시 필요경비에 산입되지 않습니다.
그러므로 개인사업장에서 대표자가 인건비로 매월 일정금액을 가져가는 경우 사업소득금액 계산시 이는 필요경비에 산입되지 않으며, 그 금액은 대표자의 출자금에 대한 회수 또는 인출로 처리됩니다.
결국 대표자에 대한 인건비 상당액은 사업소득에 포함되어 종합소득으로 과세되는 것입니다.

법인사업자의 경우에는 그 법인의 순자산을 증가시키는 모든 거래를 익금으로 하고 순자산을 감소시키는 모든 거래를 손금으로 하여 법인의 소득금액을 계산합니다.

법인의 경우에는 이자소득과 증권투자신탁수익의 분배금을 지급받을 때만 법인세가 원천징수됩니다.
그러므로 법인이 소득세법상의 배당소득이나 기타소득 또는 사업소득 등에 해당하는 수입금액을 지급받을 때는 법인세가 원천징수되지 않습니다.

개인의 경우에는 이자소득뿐만 아니라 배당소득, 근로소득, 기타소득, 특정의 사업소득을 지급받을 때도 소득세가 원천징수됩니다.

법인은 법인 그 자체가 독립된 주체로서 법률상 출자자인 주주나 경영자인 대표자와는 별개의 인격체입니다.
따라서 실질적으로 소유와 경영이 분리되어 있지 않은 법인의 경우에도 법인재산과 개인재산은 엄격히 구분하여 관리되어야 합니다.
이러한 측면에서 회사의 주금납입 대금이나 기타 업무상 유입된 법인의 자금은 법인의 용도로만 사용되어야 하는 것입니다.

예를 들어, 법인의 대표자나 임원 또는 주주가 정당한 사유없이 자금을 인출하여 가면 자금을 인출하여간 사람을 가려서, 대표자나 임원에게는 회사가 그 금액만큼 급여를 준 것으로 보아 근로소득세가 과세되는 경우가 있으며, 주주에게는 배당을 준것으로 보아 배당소득세가 과세될 수 있습니다.
따라서 법인이 대표자나 임원, 주주 또는 종업원 등 법인과 특수관계에 있는 자들과 불가피하게 자금거래가 있는 경우에는 회사와 특수관계자간에 문서로 자금대여약정을 체결하여 놓고 원리금 상환 등과 관련한 자금거래를 투명하게 해 두어야 세무상의 불이익을 피할 수 있습니다.
자금대여약정서에는 상환기간과 약정이자율 등을 기재하여 자금의 인출과 상환 및 이자 수수 등에 대한 근거를 명확히 하고 약정이자율은 가능하면 시중이자율에 의하는 것이 좋습니다.
왜냐하면 법인이 금전 또는 재산을 대표자, 주주, 종업원 등 특수관계자에게 정상적인 이율이나 요율보다 낮게 대부하거나 이용하게 한 경우에는 그 차액에 해당하는 금액만큼에 대하여 법인과 개인 양자 모두에게 법인세와 소득세가 추가로 과세되기 때문입니다.
이와 같이 법인이 특수관계에 있는 대표자, 임원, 주주, 종업원 등과 거래가 이루어지는 경우에는 세무상의 불이익을 받지 않도록 세심한 주의를 기울여야 합니다.

법인으로 창업을 할 때는 자금인출의 제약성 때문에 특별한 경우를 제외하고는 자본금 규모를 무리하게 키울 필요가 없습니다.
왜냐하면 주주가 주금을 납입하면 그 자금은 법인의 자금이며 법인의 용도로만 사용되어야 하기 때문 입니다.
그러므로 주주나 대표자가 법인의 자금을 인출할 때는 급여 또는 배당 형태로 법인의 자금을 가져 가거나 차입약정에 의하여 일시적으로 자금을 법인으로부터 빌려쓰는 형태가 되는데, 이런 경우 모두 세금을 내고 법인으로부터 자금을 가져가는 결과가 되는 것입니다.
그러므로 법인 창업시에는 회사의 규모에 맞게 그리고 특별한 경우가 아니면 작게 자본금 규모를 정하는 것이 바람직합니다.
이 경우 창업 후 회사자금이 부족하면 주주나 대표자로부터 일시차입 형태를 취하여 자금을 투입하였다가 자금 여유가 있을 때 다시 인출하면 세금문제는 발생하지 않으며, 자본금 규모를 키울 필요가 있을 때는 증자를 하면 됩니다.

개인사업자의 경우에는 사업자금의 투입과 인출의 측면에서 법인에 비하여 상당히 자유로운 편입니다.
즉 개인사업장의 경우에는 사업주가 그 사업장의 출자자인 동시에 경영자이므로 사업과 관련하여 자금이 필요할 때 즉각적으로 사업주의 개인자금을 사업체에 투입할 수 있고, 투입된 자금을 사업상의 용도 외로 인출하는 경우에도 수입금액 누락이 없고 동 금액을 경비처리하지 않는 한 원칙적으로 세무상 특별한 불이익이 없습니다.

법인사업자는 모든 거래에 대하여 한층 투명하게 세무처리를 하여야 합니다.
특히 법인이 매출을 누락하거나 실제거래 없는 가공경비를 손금처리한 경우에는 법인뿐만 아니라 대표자 개인에게도 다음과 같이 많은 세금이 추징됩니다.

① 부가가치세

위에서 보는 바와 같이 법인이 매출을 누락하거나 가공경비를 손금에 산입하게 되면 그 금액에 대하여 부가가치세 10%, 법인세 최고 29.7%, 소득세 최고 39.6% 등 합계 79.3%의 세금이 추징될 수 있습니다.
여기에 여러 가지 가산세가 추가되면 추징되는 세금은 매출누락금액 또는 가공경비 처리금액의 100%에 육박합니다.
즉 매출누락금액 또는 가공경비 손금산입금액이 1억원이라면 추징되는 세금이 1억원이 될 수 있다는 것입니다.

개인사업자에게는 상여처분제도가 없으므로 매출을 누락하거나 가공경비를 경비처리하는 경우 부가가치세와 소득세만 부담하면 되므로 법인사업자에 비하여 추징세금 부담이 상대적으로 덜한 편입니다.
그럼에도 불구하고 개인사업자가 매출을 누락하거나 가공경비를 필요경비에 산입하였을 경우 추징되는 세금은 부가가치세 10%, 소득세 최고세율 39.6% 총 49.6%가 되고, 여기에 가산세가 추가되면 매출누락금액 또는 가공경비 처리금액에 대하여 최고 70%까지 세금이 추징될 수 있습니다.
그러므로 개인사업자의 경우에도 매출누락 등이 발생하지 않도록 세무관리에 각별히 유의하여야 합니다.

가공경비처리에 대한 혐의를 받지 않도록 하기 위하여 사업자는 대금을 지급할 때 세금계산서는 물론 계약서, 견적서 등 거래증빙과 대금지급사실을 입증할 수 있는 은행송금영수증, 계좌이체통장사본 등을 확실히 갖추어 놓는 것이 좋습니다.
한편 실수, 착오, 기타 사유로 매출누락이나 가공경비를 손금처리한 사실이 사후에 발견되는 경우에는 가산세 부담을 줄이고 상여처분을 면하기 위하여 수정신고 등 즉각적인 조치를 취하는 것이 바람직합니다.